De acordo com os Estatutos da Associação, são Órgãos Sociais da CEFAMOL a Assembleia-Geral, a Direção Nacional e o Conselho Fiscal, cujos mandatos são de dois anos.

A Assembleia-Geral é constituída por um Presidente, um Vice-Presidente e um Secretário. Este órgão é composto por todos os associados, com direito a voto. Qualquer associado, pode fazer-se representar por outro associado, desde que devidamente credenciado para o efeito. As competências deste órgão são eleger a Mesa e os restantes órgãos sociais, bem como proceder à sua destituição; estipular as contribuições a pagar pelos associados, discutir e votar anualmente o relatório e as contas do exercício, o orçamento e o programa de atividades a desenvolver e definir as linhas gerais de orientação da CEFAMOL.

A Direção Nacional é constituída por um Presidente, quatro Vice-Presidentes e quatro Vogais, aos quais compete representarem a CEFAMOL em todas as instâncias legais. É também dever da Direção Nacional admitir ou excluir os Associados, elaborar o plano de atividades, o orçamento e o relatório de contas do exercício, assim como a gestão dos recursos humanos e a contratação de serviços externos.

O Conselho Fiscal é constituído por um Presidente e dois Vogais. Este órgão tem como funções a fiscalização dos órgãos da Direção, examinar regularmente a situação da Tesouraria, a análise e emissão de pareceres técnicos sobre o relatório de contas e outras situações económico-financeiras previstas na lei ou nos estatutos.